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一、RNA和DNA提取：
裂解：裂解公式可能因您要提取 DNA 還是 RNA 而異，但共同點是含有高濃度離液鹽的裂解緩沖液。
Chaotropes（離液劑）的作用：Chaotrope會破壞氫鍵及疏水間的相互作用。離液鹽包括鹽酸胍、硫氰酸胍、尿素和高氯酸鋰。
洗滌劑：除了離液劑外，裂解緩沖液中通常還有一些去污劑，以幫助蛋白質溶解和裂解。
溶菌酶和蛋白酶K:根據樣品類型，也可以使用酶進行裂解。蛋白酶 K 就是其中之一，實際上在這些變性緩沖液中效果較好；當蛋白質變性增多，蛋白酶 K 的作用也會相應增強。然而，溶菌酶在變性中不起作用，因此溶菌酶處理通常在添加變性鹽之前進行。
二、關于質粒制備的注意事項
分離質粒 DNA 與提取 RNA 或基因組 DNA 的提取方式是不相同的，因為必須質粒與基因組 DNA 必須分離。如果此刻，您加入離液劑將立即釋放所有物質，并且無法將小環狀 DNA 與高分子量染色體區別開來。因此，在質粒制備過程中中，直到裂解后才加入離液劑，鹽用于結合。
三、DNA 提取后純化：將 DNA 與色譜柱結合
離液鹽對于裂解至關重要，而且對于將 DNA（或 RNA）與色譜柱結合也是如此。此外，為了增強和影響核酸與二氧化硅的結合，還添加了酒精。
大多數情況下這是乙醇，但有時可能是異丙醇。乙醇百分比和體積有很大的影響。太多，你會帶入大量降解的核酸和小物種，這會影響 A260 讀數并降低你的一些產量。太少，可能難以從膜上洗掉所有鹽分。
如果您在裂解中使用含有 SDS 的去污劑，請嘗試使用NaCl 作為沉淀劑，以避免去污劑污染 DNA 或 RNA。
四、洗滌 DNA（或 RNA）
當裂解物通過硅膠膜進行離心分離，現在所提取的 DNA 或 RNA 應該與柱子結合，雜質、細胞蛋白和多糖應該已經通過了。
但是，膜仍然被殘留的細胞蛋白質和鹽弄臟。如果樣品來自植物，仍然會有多糖，也許一些色素留在膜上，或者如果樣品是血液，膜可能會被染成棕色或黃色。
洗滌步驟用于去除這些雜質。
通常有兩次洗滌，盡管這可能因樣品類型而異。第一次洗滌通常會含有少量的離液鹽，以去除蛋白質和有色污染物。這之后總是用乙醇洗滌以除去鹽。
如果開始的準備工作沒有大量蛋白質，例如質粒準備或 PCR 清理，則只需要乙醇洗滌。去除離液鹽對于獲得高產量和高純度的 DNA 或 RNA 至關重要。一些試劑盒甚至會用乙醇清洗柱子兩次。如果殘留鹽分，核酸的洗脫會很差，A230讀數會很高，導致260/230的比率很低。對于無乙醇 DNA 和 RNA，需要進行干法離心，乙醇洗滌后，大多數方案都有一個離心步驟來干燥柱子。這是為了去除乙醇，對于清潔的洗脫液是必須的。 當將 10 mM Tris 緩沖液或水應用于膜進行洗脫時，核酸會水合并從膜中釋放出來。如果色譜柱上仍有乙醇，則核酸無法全再水合。如果跳過干燥步驟會導致乙醇污染和低產量。很可能在 Nanodrop 上看不到乙醇吸光度，所以它不會出現在您的讀數中。
五、RNA 和 DNA 提取：洗脫
DNA 提取方案的還剩余IDE步驟步就是從硅膠中釋放純 DNA 或 RNA。
對于 DNA 制備，通常使用 pH 值為 8-9 的 10 mM Tris。DNA 在弱堿性 pH 值下更穩定，在緩沖液中溶解得更快。即使對于 DNA 顆粒也是如此。水的 pH 值往往較低，低至 4-5，并且高分子量 DNA 在用于洗脫的短時間內可能無法全再水合。
通過在離心前讓緩沖液在膜中停留幾分鐘，可以較大限度地洗脫 DNA。
由于RNA 易溶于水，且RNA 利于處在微酸性的 pH 值環境下。
六、RNA 和 DNA 提取實驗中的問題
1.產量低
如果您遇到的 DNA/RNA 產量低于您對樣品的預期，則需要考慮許多因素。通常，這是一個裂解問題。不全裂解是產量低的主要原因。它也可能是由不正確的綁定條件引起的。確保使用新鮮的優質乙醇（100% 200 標準）稀釋緩沖液或添加到結合的步驟。劣質乙醇或舊庫存可能已經吸收了水分，并且濃度不正確。如果洗滌緩沖液制備不正確，您可能正在洗掉提取的 DNA 或 RNA。
2.低純度
如果提取的 DNA 被蛋白質污染（低 260/280），那么您可能開始時樣品過多，而蛋白質沒有全去除或溶解。
如果 DNA 的 260/230 比率不佳，則問題通常是結合或洗滌緩沖液中的鹽分。確保使用最高質量的乙醇來制備洗滌緩沖液，如果問題仍然存在，請再次洗滌色譜柱。
與其他樣品相比，一些樣品含有更多的抑制劑。環境樣品特別容易出現純度問題，因為腐殖質在提取過程中會被溶解。
腐殖質的行為與 DNA 相似，很難從硅膠柱中去除。
3.降解
降解問題是RNA制備中常常到的問題。因為在 RNA 提取過程中，樣品儲存不當或裂解效率低等情況都會導致降解。對于 DNA 提取，降解不是一個大問題，因為對于 PCR，DNA 可以被剪切并且工作正常，如果不希望有較多剪切的 DNA，可以使用弱裂解的方法。
七、PCR 清理時的注意事項
PCR 凈化其實并不是 DNA 提取技術本身，但它是一種效率高且簡單的技術，它只是添加高濃度的結合鹽（通常每體積 PCR 反應 3-5 體積鹽）和離心來過濾。
在實驗過程中，PCR Clean-up 試劑盒出現故障也會導致整個實驗功虧一簣。
因為在PCR 反應中有較多吸收 260 度紫外線的物質，比如：核苷酸、去污劑、鹽和引物。所以，PCR 凈化試劑盒經常無法正常工作可能是由于 PCR 反應失敗所造一般成較難清理。
