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1、蛋白酶抑制劑
破碎細(xì)胞提取蛋白質(zhì)的同時可釋放出蛋白酶，這些蛋白酶需要迅速的被抑制以保持蛋白質(zhì)不被降解。在蛋白質(zhì)提取過程中，需要加入蛋白酶抑制劑以防止蛋白水解。蛋白酶抑制劑（protease inhibitor）從廣義上指與蛋白酶分子活性中心上的一些基團(tuán)結(jié)合，使蛋白酶活力下降，甚至消失，但不使酶蛋白變性的物質(zhì)。各種蛋白酶對不同蛋白質(zhì)的敏感性各不相同，因此需要調(diào)整各種蛋白酶的濃度。由于蛋白酶抑制劑在液體中的溶解度極低，尤其應(yīng)注意在緩沖液中加入蛋白酶抑制劑時應(yīng)充分混勻以減少蛋白酶抑制劑的沉淀。
常用的蛋白酶抑制劑和各自作用特點如下：
(1) 苯甲酰磺酰氟（PMSF）：抑制絲氨酸蛋白酶（如胰凝乳蛋白酶，胰蛋白酶，凝血酶）和巰基蛋白酶（如木瓜蛋白酶）；
(2) 乙二胺四乙酸（EDTA）：作為螯合劑可逆抑制金屬蛋白水解酶；
(3) 胃蛋白酶抑制劑（pepstantin）：抑制酸性蛋白酶如胃蛋白酶，血管緊張肽原酶，組織蛋白酶D和凝乳酶；
(4) 亮抑蛋白酶肽（leupeptin）：可逆抑制絲氨酸、半胱氨酸蛋白酶和巰基蛋白酶，如木瓜蛋白酶，血漿酶和組織蛋白酶B；
(5) 胰蛋白酶抑制劑（aprotinin）：競爭性可逆抑制絲氨酸蛋白酶，如血漿酶，血管舒緩素，胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶；
(6) AEBSF：一種水溶性的絲氨酸蛋白酶不可逆抑制劑，其抑制常數(shù)與PMSF和DFP的抑制常數(shù)相似，可以有效抑制胰蛋白酶（trypsin）、糜蛋白酶（chymotrypsin）、纖溶酶（plasmin）、激肽釋放酶（kallikrein）和凝血酶（thrombin）等蛋白酶，作為PMSF和DFP的替代物，AEBSF的毒性更低、水溶性和水溶液穩(wěn)定性更好。
(7) 烏苯美司（I Ubenimex，NN，也稱為bestatin）：競爭性，可逆的氨基肽酶抑制劑，對精氨酰氨基肽酶（氨基肽酶B），白三烯A4水解酶（顯示環(huán)氧化物水解酶和氨基肽酶活性的鋅金屬蛋白酶），丙氨酰氨基肽酶（氨肽酶M /N），亮氨酰/胱氨酰氨基肽酶（催產(chǎn)素/血管加壓素酶）（白三烯D4水解酶）有抑制作用；
(8) N-（反式-環(huán)氧丁二酰基）-L-亮氨酸-4-胍基丁基酰胺（E64）：半胱氨酸蛋白酶不可逆抑制劑；
(9) 胃酶抑素A（Pepstatin A）：天冬氨酸蛋白酶可逆抑制劑。
2、磷酸酶抑制劑
細(xì)胞或組織裂解時會釋放出大量內(nèi)源性蛋白磷酸酶，以各種方式催化磷酸化蛋白的去磷酸化，從而影響后續(xù)的蛋白檢測。因此在提取物中適量添加外源性磷酸酶抑制劑，有利于在之后的Western blotting、免疫共沉淀檢測磷酸化蛋白質(zhì)和蛋白激酶活性測定等實驗過程中抑制磷酸化蛋白的去磷酸化，維持蛋白質(zhì)的磷酸化狀態(tài)。
常見的磷酸酶有蛋白酪氨酸磷酸酶、堿性磷酸酶和酸性磷酸酶，常用的磷酸酶抑制劑如下：
(1) 氟化鈉（sodiμm fluoride）：酸性磷酸酶可逆抑制劑；
(2) 焦磷酸鈉（sodiμm pyrophosphate）：絲氨酸/蘇氨酸磷酸酶不可逆抑制劑；
(3) β-甘油磷酸（β-glycerophosphate）：絲氨酸/蘇氨酸磷酸酶可逆抑制劑；
(4) 正釩酸鈉（sodiμm orthovanadate）：堿性磷酸酶和酪氨酸磷酸酶可逆抑制劑：
(5) 鉬酸鈉（sodiμm molybdate）：酸性磷酸酶不可逆抑制劑；
(6) 二水酒石酸鈉（sodiμm tartrate dihydrate）：酸性磷酸酶可逆抑制劑；
(7) 咪唑（imidazole）：堿性磷酸酶可逆抑制劑。
